IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR Test

Analytische validatie en onderzoek naar kruisspecificiteit

IDEXX Laboratorium heeft een nieuwe realtime PCR-test ontwikkeld voor de detectie van SARS-CoV-2 (COVID-19), gebaseerd op de vrijgegeven genetische kenmerken van het virus van de recente uitbraak onder mensen. De IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR Test voldeed aan alle analytische validatievereisten. Specificiteitsonderzoeken toonden met de nieuwe PCR-test geen kruisreactiviteit aan ten opzichte van de gebruikelijke veterinaire coronavirussen die bij gezelschapsdieren voorkomen. Ook werd aangetoond dat de momenteel beschikbare RealPCR-testen voor deze veterinaire coronavirussen geen synthetisch COVID-19-nucleïnezuur detecteren. IDEXX RealPCR-testen worden ontwikkeld en uitgevoerd op een standaard realtime PCR-platform in het moleculaire diagnostisch (PCR) laboratorium in West Sacramento, Californië. Meer dan 4.000 monsters van honden, katten en paarden werden gescreend met de nieuwe IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR Test. Gedurende een periode van vier weken, beginnend op 14 februari 2020, werden er monsters ingestuurd van patiënten uit de Verenigde Staten en Zuid-Korea, waaronder gebieden waar humane gevallen van COVID-19 zijn gemeld. Monsters werden ook parallel getest met drie assays van de Centers of Disease Control and Prevention (CDC). Tot op heden is geen enkel monsters positief getest. Monitoring van honden- en kattenmonsters die zijn ingestuurd voor respiratoire PCR-profielen loopt nog en zal wereldwijd worden uitgebreid naar andere regio's.

Assaydesign en analytische validatie

De IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR Test is gericht op hetzelfde nucleocapside-gen als bij CDC-assays gebruikt wordt. Dit target was gebaseerd op de analyse van de genetische code die een hoge conservering liet zien en die aangepast was om te voldoen aan het smeltpunt en de analytische vereisten van ons gestandaardiseerde platform. Validatie van de test omvatte eerst een analyse van de genetische code ten opzichte van meer dan 300 openbaar beschikbare genetische codes. Ten tweede werd een synthetische positieve controle gebruikt om de test qua prestaties te valideren, wat voldeed aan de vereisten voor robuust signaal-ruis tijdens de amplificatie-efficiëntie, intrarun en interrun reproduceerbaarheid en correlatie. Daarnaast heeft IDEXX ter bevestiging drie CDC-assays geïmplementeerd die parallel met de IDEXX-assay worden uitgevoerd. De drie bevestigende assays zijn overgenomen van de CDC, die oorspronkelijk gepubliceerd is op 24 januari 2020.1,2

De kruisspecificiteit van alle vier de assays (SARS-COV-2) werd bevestigd met synthetisch-positieve veterinaire coronavirus-targets en PCR-positieve monsters van het respiratoire coronavirus bij honden, het enterale coronavirus bij honden en katten, en het enterale coronavirus bij paarden, die zijn ingestuurd naar het IDEXX Laboratorium. De volgende controles zijn uitgevoerd tijdens de realtime PCR-validatiefase en screening:

  • Negatieve extractiecontrole (NEC): alle negatieve extractiecontroles waren negatief wat betreft PCR.
  • Preanalytische kwaliteitscontrole van de monsters met behulp van een realtime TaqMan® PCR-assay voor een endogeen controlegen. Alle monsters, ongeacht of ze negatief of positief waren, hebben de kwaliteitscontrole van het monster doorstaan.
  • PCR-negatieve controles: alle PCR-negatieve controles zijn negatief getest.
  • PCR-positieve controles: alle PCR-positieve controles (synthetisch-positieve controle) zijn positief getest.
  • Monitoring van contaminatie uit de omgeving: alle monsters van verschillende locaties binnen het PCR-laboratorium zijn negatief getest op de contaminatiemonitoring

De PCR-positieve monsters van het respiratoire coronavirus bij honden, het enterale coronavirus bij honden en katten, en het enterale coronavirus bij paarden, die zijn ingestuurd naar het IDEXX Laboratorium, werden ook gescreend ten opzichte van alle SARS-CoV-2-assays. Alle CDC-assays en IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR-assays zijn negatief getest op deze populatie van andere coronavirussen.

Screeningmethodologie

Er werden willekeurig monsters geselecteerd uit de monsters die zijn ingestuurd naar het IDEXX Laboratorium voor PCR-onderzoek op respiratoire en fecale monsters van honden, katten en paarden. De eerste monsters die voor screening werden gebruikt, bestonden onder meer uit swabs (de meeste zijn diepe faryngeale [keel] en conjunctivale [oog] swabs) en faeces. Van de meer dan 3.500 gescreende monsters van 14 februari tot 12 maart:

  • De gescreende monsters waren afkomstig uit alle 50 staten van Amerika en uit Zuid-Korea.
  • 55% van de monsters was afkomstig van honden, 41% was afkomstig van katten, 4% was afkomstig van paarden.
  • 77% bestond uit respiratoire monsters, 23% waren fecale monsters.

 

Referenties

  1. Centra voor ziektebestrijding en -preventie, afdeling virale ziekten. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostisch Panel Gebruiksaanwijzing. CDC-publicatie CDC-006-00019, Revisie: 02. www.fda.gov/media/134922/download. Geldig vanaf 15 maart 2020. Geraadpleegd: maandag 16 maart 2020.
  2.  Centra voor ziektebestrijding en -preventie, afdeling virale ziekten. Onderzoek Gebruik alleen realtime RT-PCR-protocol voor identificatie van 2019-nCoV.www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. Bijgewerkt 14 maart 2020. Geraadpleegd: maandag 16 maart 2020.